Package: unicycler (0.5.0+dfsg-1)

[ Source: unicycler  ]

Hybrid samlingsdatakanal for bakterigenomer

Unicycler er en samlingsdatakanal for bakteriegenomer. Den kan samle Illumina-only-læsesæt, hvor den fungerer som en SPAdes-optimerer. Den kan også samle long-read-only-sæt (PacBio eller Nanopore), hvor den afvikler en miniasm+Racon-datakanal. For de bedst mulige samlinger, giv den både Illuminalæsninger og lange læsninger og den vil udføre en hybrid samling.

Other Packages Related to unicycler

• dep: bcftools

  Genomisk variantkald og manipulering af VCF/BCF-filer

• dep: bowtie2

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• dep: default-jre

  Standardjava eller Javakompatibel kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: miniasm

  Ultrahurtig de novo assembler for lange støjfyldte DNA-sekvenslæsninger

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

  dep: python3 (>= 3~)

• dep: python3-setuptools

  Python3 Distutils Enhancements

• dep: racon

  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: spades (>= 3.14)

  Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: unicycler-data

  Hybrid samlingsdatakanal for bakterigenomer - datapakke

Download unicycler

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	843.0 kB	3,108.0 kB	[list of files]