Package: shasta (0.12.0-1 and others)

[ Source: shasta  ]

Nanopore-helgenomsamling - binære filer og skripter

De novo-samling fra Oxford Nanopore-læsninger. Formålet med Shasta lang læsnings-samleren er hurtigt at fremstille en præcis samlet sekvens via DNA-læsninger som inddata oprettet af Oxford Nanopore-forløbsceller.

Beregningsmetoder brugt af Shasta-samlerne inkluderer:

 * Brug af en afviklingslængde repræsentation for læsesekvensen. Dette
   gør samlingsprocessen meget modstandsdygtig for fejl i homopolymer
   gentagsantal, der er den hyppigste fejltype i Oxford Nanopore-læsninger.

 * Brug i nogle faser af beregningen en repræsentation af læsningssekvensen
   baseret på markører, et fast undersæt af korte k-mer'er (k ≈ 10).

Shastas samlingskvalitet kan sammenlignes med eller er bedre end samlingskvaliteten opnået af andre lang læsnings-samlere.

Denne pakke indeholder de kørbare binære filer (værktøjer) og medfølgende skripter.

Other Packages Related to shasta

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0)

  C++-repræsentaton af tidsvarighed, tidspunkt og ure

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3-shasta (= 0.12.0-1+b1)

  Nanopore-helgenomsamling - dynamisk bibliotek

Download shasta

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	0.12.0-1+b1	610.4 kB	2,591.0 kB	[list of files]