Package: shasta (0.12.0-2)

[ Source: shasta  ]

Experimental package

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

Nanopore-helgenomsamling - binære filer og skripter

De novo-samling fra Oxford Nanopore-læsninger. Formålet med Shasta lang læsnings-samleren er hurtigt at fremstille en præcis samlet sekvens via DNA-læsninger som inddata oprettet af Oxford Nanopore-forløbsceller.

Beregningsmetoder brugt af Shasta-samlerne inkluderer:

 * Brug af en afviklingslængde repræsentation for læsesekvensen. Dette
   gør samlingsprocessen meget modstandsdygtig for fejl i homopolymer
   gentagsantal, der er den hyppigste fejltype i Oxford Nanopore-læsninger.

 * Brug i nogle faser af beregningen en repræsentation af læsningssekvensen
   baseret på markører, et fast undersæt af korte k-mer'er (k ≈ 10).

Shastas samlingskvalitet kan sammenlignes med eller er bedre end samlingskvaliteten opnået af andre lang læsnings-samlere.

Denne pakke indeholder de kørbare binære filer (værktøjer) og medfølgende skripter.

Other Packages Related to shasta

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0)

  C++-repræsentaton af tidsvarighed, tidspunkt og ure

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3-shasta (= 0.12.0-2)

  Nanopore-helgenomsamling - dynamisk bibliotek

Download shasta

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	610.5 kB	2,598.0 kB	[list of files]