Package: r-bioc-genomicfeatures (1.58.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-genomicfeatures  ]

Experimental package

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

GNU R-værktøjer til at lave og manipulere transcript centric-annotationer

Et sæt af værktøjer og metoder til at lave og manipulere transcript centric-annotationer. Med disse værktøjer kan brugeren nemt hente genomplaceringen for udskrifterne, exoner og cd'er for en given organisme, fra enten UCSC Genome Browser eller en BioMart-database (flere kilder vil være understøttet i fremtiden). Denne information lagres så i en lokal database, der holder styr på relationen mellem udskrifter, exoner, cd'er og gener. Fleksible metoder tilbydes for at udtrække de ønskede funktioner i et praktisk format.

Other Packages Related to r-bioc-genomicfeatures

• dep: r-api-4.0

  Package not available

• dep: r-api-bioc-3.20

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.41.4)

  GNU R Annotation Database-grænseflade for BioConductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.51.2)

  Generiske funktioner for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings

  GNU R-strengobjekter der repræsenterer biologiske sekvenser

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.35.8)

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.55.2)

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.37.1)

  GNU R - containere på lavt niveau til at lagre sæt af heltalsintervaller

• dep: r-bioc-rtracklayer

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.29)

  BioConductor S4-implementering af vektorer og lister

• dep: r-bioc-xvector

  BioConductor-repræsentation og manipulering af eksterne sekvenser

• dep: r-cran-dbi

  GNU R-pakke der tilbyder en generisk databasegrænseflade

• sug: r-bioc-annotationfilter

  Faciliteter til at filtrere Bioconductors bemærkningsressourcer

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-bsgenome

  BioConductor-infrastruktur for Biostrings-baserede arvemassepakker

• sug: r-bioc-ensembldb

  GNU R-redskaber til at oprette og bruge en Ensembl-baseret annotationsdatabase

• sug: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.7)

  Bioconductor-repræsentation og manipulering af korte arvemassesammenligninger

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  Genom-bred annotation for mennesker

• sug: r-bioc-rsamtools

  GNU R-binær sammenligning (BAM), variantkald (BCF) eller tabix-filimport

• sug: r-bioc-txdbmaker

  Tools for making TxDb objects from genomic annotations

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-markdown

  GNU R-pakke der tilbyder R-bindinger til Sundown Markdown-optegningsbiblioteket

• sug: r-cran-runit

  GNU R-pakke der tilbyder en ramme for enhedstest

Download r-bioc-genomicfeatures

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	908.0 kB	1,485.0 kB	[list of files]