Package: r-bioc-megadepth (1.16.0+ds-1)

[ Source: r-bioc-megadepth  ]

Experimental package

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

BioCOnductor BigWig og BAM-relaterede redskaber

Denne pakke tilbyder en R-grænseflade til Megadepth af Christopher Wilks tilgængelig på https://github.com/ChristopherWilks/megadepth. Den er speciel nyttig til at beregne dækningen af et sæt af genomregioner på tværs af BigWig- eller BAM-filer. Med denne pakke kan du bygge base-par dækningsmatricer for regioner eller annotationer efter eget valg fra BigWig-filer. Megadepth blev brugt til at oprette de rå filer tilbudt af <https://bioconductor.org/packages/recount3>.

Other Packages Related to r-bioc-megadepth

• dep: megadepth

  computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

• dep: r-api-4.0

  Package not available

• dep: r-api-bioc-3.20

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor-repræsentation og manipulation af genomiske intervaller

• dep: r-cran-cmdfun

  GNI R framework for building interfaces to shell commands

• dep: r-cran-dplyr

  GNU R-grammatik for datamanipulering

• dep: r-cran-fs

  GNU R-filsystemoperationer på tværs af platform

• dep: r-cran-magrittr

  GNU R - operatør for fremadrettet datakanal

• dep: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• dep: r-cran-xfun

  Diverse GNU R-funktioner af »Yihui Xie«

• sug: r-bioc-biocstyle

  Standardstile for vignettes og andre Biocunductor-dokumenter

• sug: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor-redskaber til at manipulere kromosomidentifikatorer

• sug: r-bioc-rtracklayer

  GNU R-grænseflade til genombrowsere og deres annotationsspor

• sug: r-cran-covr

  test coverage for GNU R packages

• sug: r-cran-knitr

  GNU R-pakke for dynamisk rapportoprettelse via Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-sessioninfo

  R-sessioninformation

• sug: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

Download r-bioc-megadepth

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	84.3 kB	166.0 kB	[list of files]