Package: biom-format-tools (2.1.7+dfsg-2)

[ Source: python-biom-format  ]

Værktøjer til kommandolinjen for BIOM-formatet

BIOM-filformatet (kanonisk udtalt biome) er designet til at være et alment format for repræsentation af biologisk prøve efter observationsuforudsete tabeller. BIOM er en anerkendt standard for Earth Microbiome Project og er et Genomics Standards Consortium-kandidatprojekt.

BIOM-formatet er designet for almen brug i brede områder for komparative -omics. For eksempel i undersøgelser for marker-gene, den primære brug for dette format er at repræsentere OTU-tabeller: Observationerne i dette tilfælde er OTU'er og matrixen indeholder antal svarende til antallet af gange hver OTU observeres i hver prøve. Med hensyn til metagenom-data, vil dette format blive brugt til at repræsentere metagenome-tabeller: Observationerne i dette tilfælde kan svare til SEED-undersystemer, og matrixen vil indeholder antal svarende til antallet af gange hvert undersystem observeres i hvert metagenom. På samme måde med hensyn til genom-data kan dette format bruges til at repræsentere et sæt af genomer: observationerne i dette tilfælde kan igen tilsvare SEED-undersystemer, og antallet vil tilsvare antallet af gange hvert undersystem er observeret i hvert genom.

Denne pakke tilbyder værktøjerne for kommandolinjen til BIOM-formatets Pythonpakke.

Other Packages Related to biom-format-tools

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af python3

• dep: python3-biom-format (= 2.1.7+dfsg-2)

  Biological Observation Matrix-format (BIOM) - Python 3

• dep: python3-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: python3-numpy-abi9

  virtual package provided by python3-numpy

Download biom-format-tools

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
i386	13.8 kB	22.0 kB	[list of files]