Paquet : biom-format-tools (2.1.7+dfsg-2)

[ Paquet source : python-biom-format  ]

outils en ligne de commande pour le format BIOM

Le format de fichiers BIOM (prononcé biome) est conçu pour être un format d'usage général pour représenter un échantillon biologique avec des tables de contingence d'observations. BIOM est un standard reconnu pour le projet Earth Microbiome et est un projet candidat du Genomics Standards Consortium.

Le format BIOM est conçu pour une utilisation générale dans de vastes disciplines de -omique comparative. Par exemple, dans les études de gènes marqueurs, l'utilisation principale de ce format est de représenter des tables OTU : dans ce cas, les observations sont des OTU et la matrice contient les comptes correspondant au nombre de fois que chaque OTU est observé dans chaque échantillon. Par rapport aux données de métagénomes, ce format servirait à représenter les tables de métagénomes : dans ce cas, les observations pourraient correspondre aux sous-systèmes SEED et la matrice contiendrait les comptes correspondant au nombre de fois que chaque sous-système est observé dans chaque métagénome. De même, pour les données de génome, ce format pourrait servir à représenter un ensemble de génomes : dans ce cas, les observations pourraient à nouveau correspondre aux sous-systèmes SEED et les comptes pourraient correspondre au nombre de fois que chaque sous-système est observé dans chaque génome.

Ce paquet fournit les outils en ligne de commande pour le paquet Python du format BIOM.

Autres paquets associés à biom-format-tools

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biom-format (= 2.1.7+dfsg-2)

  format de matrice d'observation biologique (BIOM) – Python 3

• dep: python3-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: python3-numpy-abi9

  paquet virtuel fourni par python3-numpy

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	13,8 ko	22,0 ko	[liste des fichiers]