Package: med-cloud (3.7)

[ Source: debian-med  ]

Debian Med-bioinformatikprogrammer der kan benyttes i skyberegninger

Denne metapakke vil installere Debianpakker relateret til molekylær biologi, strukturel biologi og bioinformatik for brug i biovidenskab, som ikke afhænger af grafiske værktøjssæt og derfor kan være på systemaftryk for brug i skyberegningsklynger, hvor plads kan være begrænset.

Tags: Field: Molecular Biology, Role: Metapackage

Other Packages Related to med-cloud

• dep: med-config (= 3.7)

  Debian Med - generel konfigurationspakke

• dep: med-tasks (= 3.7)

  Debian Med-opgaver for tasksel

• rec: abyss

  De novo, parallel, sekvensassembler for korte læsninger

• rec: acedb-other

  Indhentelse af DNA- eller proteinsekvenser

• rec: aevol

  Digital genetisk model til at udføre evolutionseksperimenter i silico

• rec: alien-hunter

  Interpolated Variable Order Motifs til identificering af vandret indsamlede DNA

• rec: altree

  Program til at udføre fylogeni-baserede forenings- og lokaliseringsanalyse

• rec: amap-align

  Proteinflerjustering af sekvensudglødning

• rec: ampliconnoise

  Fjernelse af støj fra 454-sekvenserede PCR-amplicons

• rec: anfo

  Short Read Aligner/Mapper fra MPG

• rec: aragorn

  tRNA- og tmRNA-detektion i nukleotide sekvenser

• rec: arden

  Specificitetskontrol for læse sammenligninger ved anvendelse af en kunstig reference

• rec: autodock

  Analyse af ligand-binding til proteinstruktur

• rec: autodock-vina

  Dokning af små molekyler til proteiner

• rec: autogrid

  Beregn på forhånd liganders binding til deres receptor

• rec: bamtools

  Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser

• rec: bedtools

  Programpakke med redskaber for sammenligning af arvemassefunktioner

• rec: bioperl

  Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi

• rec: bioperl-run

  BioPerl-omslag: skripter

• rec: biosquid

  Redskaber for biologisk sekvensanalyse

• rec: bowtie

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• rec: bowtie2

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• rec: boxshade

  Pæn udskrift af flere sekvensersammenstillinger

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• rec: cassiopee

  Indeks- og søgeværktøj i arvemassesekvenser

• rec: cd-hit

  Programpakke designet til hurtigt at gruppere sekvenser

• rec: cdbfasta

  Constant DataBase-indekserings- og indhentelsesværktøj for multi-FASTA-filer

• rec: circos

  Plotprogram for visualisering af data

• rec: clearcut

  Ekstrem effektiv fylogenetisk trærekonstruktion

• rec: clonalframe

  Udledning af bakterisk mikroevolution med multilocus sekvensdata

• rec: clustalo

  Alment sekvenssammenligningsprogram for proteiner

• rec: clustalw

  Global nukleotid eller peptid sekvensjustering

• rec: concavity

  Forudsigelse af proteinligandbindingssteder fra struktur og bevaring

• rec: conservation-code

  Værktøj til bedømmelse af bevaring af proteinsekvens

• rec: datamash

  Statistisk værktøj for kommandolinjegrænseflader

• rec: dialign

  Segmentbaseret flersekvensjustering

• rec: dialign-tx

  Segmentbaseret flersekvensjustering

• rec: discosnp

  Find enkel nukleotidpolymorfisme fra rå læsning af sæt

• rec: disulfinder

  Cysteines disulfidbindingtilstand og forbindelsesprædiktor

• rec: dnaclust

  Værktøj til klyngedannelse af korte DNA-sekvenser

• rec: dssp

  Sekundære proteinstruktur-opgave baseret på 3D-struktur

• rec: embassy-domainatrix

  Ekstra EMBOSS-kommandoer til håndtering af domæneklassifikationsfil

• rec: embassy-domalign

  Ekstra EMBOSS-kommandoer til proteindomæne-justering

• rec: embassy-domsearch

  Ekstra EMBOSS-kommandoer til søgning i proteindomæner

• rec: emboss

  Programpakke til europæisk molekylærbiologi

• rec: exonerate

  generisk værktøj til parvis sekvenssammenligning

• rec: fastdnaml

  Værktøj for konstruktion af fylogentiske træer for DNA-sekvenser

• rec: fastlink

  Hurtigere version af pedigree-programmer for Linkage

• rec: fastqc

  Kvalitetskontrol for høj gennemløb af sekvensdata

• rec: fasttree

  Fylogenetiske træer fra opstillinger af nukleotid- eller proteinsekvenser

• rec: fitgcp

  Tilpasning af arvemasse-dækningsdistributioner med blandingsmodeller

• rec: flexbar

  Fleksibel stregkode og adapterfjernelse for sekvensplatforme

• rec: freecontact

  Hurtig protein-kontaktprædiktor

• rec: gasic

  Lighedskorrektion for arvemasseoverflod

• rec: genometools

  Alsidigt værktøjs til arvemasseanalyse

• rec: gff2aplot

  Parvise justeringsplot for arvemassesekvenser i PostScript

• rec: gff2ps

  laver PostScript-grafisk uddata fra GFF-filer

• rec: glam2

  Proteinmotiver med afstand fra ikke-justerede sekvenser

• rec: gmap

  Opdelt og SNP-overholdende justering for mRNA og korte læsninger

• rec: grinder

  Alsidige omics shotgun og amplikon sekventeringslæsningssimulator

• rec: gromacs

  Simulator af molekyldynamik med bygge- og analyseværktøjer

• rec: hhsuite

  Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning

• rec: hisat2

  Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer

• rec: hmmer

  Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse

• rec: idba

  Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere

• rec: infernal

  Logisk slutning for RNA-sekundære struktursammenligninger

• rec: jellyfish

  Tæl k-mers i DNA-sekvenser

• rec: kalign

  Global og progressiv flersekvensjustering

• rec: kissplice

  Detektion af diverse slags polymorfismer i RNA-sekvensdata

• rec: last-align

  sammenligning af biologisk sekvenser på genom-skala

• rec: loki

  MCMC-koblingsanalyse vedrørende generelle stamtavler

• rec: macs

  Modelbaseret analyse af ChIP-Seq på korte læsesekvenser

• rec: mafft

  Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

• rec: mapsembler2

  Bioinformatik målrettet programmer til samling

• rec: maq

  kortlægger korte, fast-længde, polymorfiske DNA-sekvenslæsninger til reference-sekvenser

• rec: melting

  beregn smeltepunktet for nukleinsyre-duplekser

• rec: minia

  Kort-læst biologisk sekvensamler

• rec: mipe

  Værktøjer til at gemme PCR-afledte data

• rec: mira-assembler

  Hel Genome Shotgun og EST Sequence Assembler

• rec: mlv-smile

  Find statistisk signifikante mønstre i sekvenser

• rec: mothur

  Programpakke for sekvensanalyse til forskning i mikrobiota

• rec: mrbayes

  Bayesiansk inferens for fylogeni

• rec: mummer

  Effektiv sekvensjustering for hele genomer

• rec: muscle

  Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser

• rec: mustang

  Strukturel justering på flere måder af proteiner

• rec: ncbi-epcr

  Værktøj til at teste en DNA-sekvens for tilstedeværelsen af sekvensmærkede steder

• rec: ncbi-tools-bin

  NCBI-biblioteker for biologiprogrammer - tekstbaserede redskaber

• rec: ncoils

  Coiled coil - sekundær strukturforudsigelse

• rec: neobio

  Beregner opstillinger af aminosyre- og nukleotidsekvenser

• rec: paraclu

  Parametrisk klyngedannelse af genomiske og transkriptomfunktioner

• rec: parsinsert

  Påholdende Indsættelse af uklassificerede sekvenser i fylogenetiske træer

• rec: pdb2pqr

  Præparation af proteinstrukturer for elektrostatiske beregninger

• rec: perm

  Effektiv kortlægning af korte læsninger med periodiske fordelte seedninger

• rec: phyml

  Fylogenisk estimering der bruger maksimum lIkelihood

• rec: phyutility

  simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices

• rec: picard-tools

  Kommandolinjeværktøjer til at manipulere SAM- og BAM-filer

• rec: plink

  Værktøjssæt til associationsanalyse for hele genomer

• rec: plink1.9

  Værktøjssæt til associationsanalyse for hele genomer

• rec: plink2

  Værktøjssæt til associationsanalyse for hele genomer

• rec: poa

  Partial Order Alignment for flere sekvenssammenligninger

• rec: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• rec: prime-phylo

  Bayesiansk estimation af gentræer der tager højde for artstræet

• rec: primer3

  Værktøj til at designe flankerende, oligo-nukleotider til DNA-amplifikation

• rec: probabel

  Værktøjssæt for Genome-Wide Association Analysis

• rec: probcons

  Flersekvens-sammenstilling baseret på probabilistisk konsistens (PROBabilistic CONSistency)

• rec: proda

  multi-sammenligning af protein-sekvenser

• rec: prodigal

  Mikrobiel (bakteriel og archaeorganisme) genkonstateringsprogram

• rec: python3-biomaj3-cli

  BioMAJ-klient

• rec: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• rec: python3-cogent3

  Ramme for genomisk biologi

• rec: qiime

  Kvantitativ indsigt i mikrobiel økologi

• rec: r-bioc-edger

  Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R

• rec: r-bioc-hilbertvis

  GNU R-pakke til at visualisere lange vektordata

• rec: r-cran-pvclust

  Hierarkisk klyngeopbygning med P-værdier via Multiscale Bootstrap

• rec: r-cran-qtl

  GNU R-pakke for genetisk markørbindingsanalyse

• rec: r-cran-vegan

  Fællesskabsøkologi for R

• rec: r-other-mott-happy.hbrem

  GNU R-pakke for finkortlægning af komplekse sygdomme

• rec: raster3d

  Værktøjer for oprettelse af billeder for proteiner eller andre molekyler

• rec: readseq

  Konvertering mellem sekvensformater

• rec: rnahybrid

  Hurtig og effektiv forudsigelse om microRNA-/mål-dubletter

• rec: rtax

  Klassifikation af sekvenslæsninger for 165 ribosomal RNA-gen

• rec: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• rec: seqan-apps

  C++-bibliotek for analyse af biologiske sekvenser

• rec: sibsim4

  Sammenlign udtrykte RNA-sekvenser på en DNA-skabelon

• rec: sigma-align

  Simpel grådig flerjustering af ikke-kodende DNA-sekvenser

• rec: sim4

  Værktøj for justering af cDNA og genomisk DNA

• rec: smalt

  Værktøj til sekvensoversættelse og sammenligning

• rec: snap

  Placering af gener fra DNA-sekvens med skjult Markovmodel

• rec: soapdenovo

  Short-read samlingsmetode til at bygge de novo-kladdesamling

• rec: soapdenovo2

  Short-read samlingsmetode til at bygge de novo-kladdesamling

• rec: squizz

  Konverteringsprogram for gentiske sekvenser og justeringer

• rec: sra-toolkit

  Redskaber for NCBI Sequence Read Archive

• rec: ssake

  Genomprogram for samling af millioner af meget korte DNA-sekvenser

• rec: staden-io-lib-utils

  Programmer til at manipulerer DNS-sekvensfiler

• rec: t-coffee

  Flersekvensjustering

• rec: tabix

  Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler

• rec: theseus

  Overlejring af makromolekyler med brug af maksimal sandsynlighed

• rec: tigr-glimmer

  Gen-detektion i arkæer og bakterier

• rec: tree-puzzle

  Rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed

  or tree-ppuzzle

  Paralleliseret rekonstruktion af fylogenetiske træer gennem maksimal lighed

• rec: vcftools

  Samling af værktøjer til arbejdet med VCF-filer

• rec: velvet

  Sekvens-assembler for nukleinsyre til meget korte læsninger

• rec: wise

  Sammenligning af bioplymerer, såsom DNA- og protein-sekvenser

• rec: zalign

  Parallel lokal sammenligning af biologiske sekvenser

• sug: bagpipe

  Package not available

• sug: blast2

  Package not available

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

• sug: embassy-phylip

  Package not available

• sug: giira

  Package not available

Download med-cloud

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	19.8 kB	40.0 kB	[list of files]