Package: gemma (0.98.4+dfsg-4)

[ Source: gemma  ]

Genome-wide Efficient Mixed Model Association

GEMMA er programimplementeringen af Genome-wide Efficient Mixed Model Association-algoritmen for en lineær blandet model og nogle af dens tætte forbindelser for genome-wide association-studier (GWAS):

 * Det passer til en univariate lineær blandet model (LMM) til
   markørforeningstest med en enkelt fænotype for at tage hensyn til
   befolkningsstratifikation og prøvestruktur, og til estimering af
   proportionaliteten af variansen i fænotyper forklaret (PVE) ved
   typegenotyper (dvs. »chipheritability«).
 * Den passer til en multivariate linear mixed model (mvLMM) til at teste
   markørassociationer med flere fænotyper samtidigt under kontrol af
   befolkningsstratifikation og til at estimere genetisk korrelationer
   blandt komplekse fænotyper.
 * Den passer til en Bayesiansk sparse linear mixed model (BSLMM) ved at
   bruge Markov-kæde Monte Carlo (MCMC) til estimering af PVE ved
   indtastede genotyper, forudsige fænotyper og identificere tilhørende
   markører ved i fællesskab at modellere alle markører under kontrol af
   befolkningsstruktur.
 * Det estimerer varians komponent/chip-arvelighed og partitioner
   det ved forskellige SNP-funktionelle kategorier. Det bruger især HE-
   regression eller REML AI-algoritme til at estimere varianskomponenter,
   når individuelle data er tilgængelige. Det bruger MQS til at estimere
   varianskomponenter, når kun summariske statistikker er tilgængelige.

GEMMA er beregningsmæssig effektiv for GWAS i stor skala og bruger frit tilgængelige numeriske biblioteker udviklet i åben kildekode.

Other Packages Related to gemma

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke

• dep: libopenblas0

  Optimized BLAS (linear algebra) library (meta)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armhf]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [not armhf]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download gemma

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	396.5 kB	1,184.0 kB	[list of files]
arm64	332.2 kB	1,008.0 kB	[list of files]
armhf	341.7 kB	742.0 kB	[list of files]
i386	414.0 kB	1,289.0 kB	[list of files]
mips64el	337.3 kB	1,354.0 kB	[list of files]
ppc64el	385.8 kB	1,372.0 kB	[list of files]
s390x	337.0 kB	1,167.0 kB	[list of files]