Package: python3-shasta (0.7.0-3)

[ Source: shasta  ]

Nanopore-helgenomsamling - dynamisk bibliotek

De novo-samling fra Oxford Nanopore-læsninger. Formålet med Shasta lang læsnings-samleren er hurtigt at fremstille en præcis samlet sekvens via DNA-læsninger som inddata oprettet af Oxford Nanopore-forløbsceller.

Beregningsmetoder brugt af Shasta-samlerne inkluderer:

 * Brug af en afviklingslængde repræsentation for læsesekvensen. Dette
   gør samlingsprocessen meget modstandsdygtig for fejl i homopolymer
   gentagsantal, der er den hyppigste fejltype i Oxford Nanopore-læsninger.

 * Brug i nogle faser af beregningen en repræsentation af læsningssekvensen
   baseret på markører, et fast undersæt af korte k-mer'er (k ≈ 10).

Shastas samlingskvalitet kan sammenlignes med eller er bedre end samlingskvaliteten opnået af andre lang læsnings-samlere.

Denne pakke indeholder det dynamiske bibliotek, der kan tilgås og importeres i Python.

Other Packages Related to python3-shasta

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  GCC støttebibliotek

• dep: libpng16-16 (>= 1.6.2-1)

  PNG-bibliotek - kørselstid (version 1.6)

• dep: libpython3.9 (>= 3.9.0~b4)

  Delt Pythonkørselstidsbibliotek - version 3.9

• dep: libspoa7.0.0 (>= 4.0.5+ds)

  SIMD-sammenligningsværktøj for partial order

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: python3 (<< 3.10)

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

  dep: python3 (>= 3.9~)

Download python3-shasta

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,463.9 kB	6,751.0 kB	[list of files]