Package: python3-pairtools (1.0.2-2 and others)

[ Source: pairtools  ]

Ramme til at behandle sekventeringsdata fra et Hi-C-eksperiment

Simpel og hurtig kommandolinjeramme til at behandle sekventeringsdata fra et Hi-C-eksperiment.

Behandl pair-end sekvenssammenligninger og udfør de følgende operationer:

 - Registrer ligationsforbindelser (a.k.a. Hi-C-par) i sammenlignet
   paired-end-sekvenser af Hi-C DNA-molekyler
 - Sorter .pairs-filer til analyse lokalt
 - Registrer, mærk og fjern PCR/optiske dubletter
 - Opret omfattende statistik over Hi-C-datasæt
 - Vælg Hi-C-par givet fleksibelt definerede kriterier
 - Gendan .sam-sammenligninger fra Hi-C-par

Other Packages Related to python3-pairtools

• dep: cython3

  C-udvidelser for Python 3

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.11~)

• dep: python3-bioframe

  library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

• dep: python3-click

  Omslag omkring optparse for kommandolinjeredskaber - Python 3.x

• dep: python3-numpy (>= 1:1.22.0)

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: python3-numpy-abi9

  virtual package provided by python3-numpy

• dep: python3-pandas

  Datastrukturer for »relationelle« data eller »etiketdata«

• dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~)

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• dep: python3-scipy

  Videnskabelige værktøjer for Python 3

• dep: python3-yaml

  YAML-fortolker og udleder for Python 3

• sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

  Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Download python3-pairtools

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.0.2-2+b1	161.5 kB	685.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.2-2+b1	147.9 kB	702.0 kB	[list of files]
armel	1.0.2-2+b1	144.8 kB	622.0 kB	[list of files]
armhf	1.0.2-2+b1	144.9 kB	554.0 kB	[list of files]
i386	1.0.2-2+b1	160.8 kB	674.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.2-2+b1	146.4 kB	776.0 kB	[list of files]
mipsel	1.0.2-2+b1	144.8 kB	702.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.2-2+b1	158.4 kB	766.0 kB	[list of files]