Package: progressivemauve (1.2.0+4713+dfsg-5 and others)

[ Source: progressivemauve  ]

Sammenligningsalgoritmer for flere genomer

Sammenligningsalgoritmerne mauveAligner og progressiveMauve er blevet implementeret som kommandolinjeprogrammer inkluderet med Mauveprogrammet. Når afviklet fra kommandolinjen tilbyder disse programmer tilvalg som endnu ikke er tilgængelige i den grafiske brugerflade.

Mauve er et system til effektiv konstruering af sammenligning af flere genomer ved tilstedeværelsen af evolutionære hændelser i stor skala såsom omlejring og inversion. Flere arvemassesammenligninger tilbyder et grundlag for forskning i komparative genomforskning og studiet af evolutionære dynamikker. Sammenligning af hele genomer er et fundamentalt anderledes problem end sammenligning af korte sekvenser.

Mauve er blevet udviklet med den ide at sammenligning af flere genomer alene bør kræve moderate beregningsressourcer. Den anvender algoritmiske teknikker, som skalerer godt i mængden af sekvenser som sammenlignes. For eksempel kan Y. pestis-genomer sammenlignes på under et minut, mens en gruppe af 9 forskellige enterobakterielle genomer kan sammenlignes på nogle få timer.

Mauve beregner visualiserer interaktive genomsekvenssammenligninger. Via brug af FastA- eller GenBank-sekvensdata konstruerer Mauve flere genomsammenligninger som identificerer storskala omlejring, genforstærkning, gentab, indels og nukleotid erstatning.

Mauve udvikles på Wisconsins universitet.

Other Packages Related to progressivemauve

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  Filsystemhandlinger (flytbare stier, iteration over mappere etc.) i C++

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  Bibliotek for Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgenome0 (>= 1.3.11+svn20110227.4616)

  Værktøjssæt til at udvikle bioinformatik-relaterede programmer

• dep: libmems1 (>= 1.6.0+4725)

  Bibliotek til at understøtte DNA-strengmatchning og komparativ genomik

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]

• enh: mauve-aligner

  Sammenligning af flere genomer

Download progressivemauve

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	849.1 kB	5,581.0 kB	[list of files]
arm64	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	796.5 kB	5,054.0 kB	[list of files]
armel	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	651.6 kB	3,950.0 kB	[list of files]
armhf	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	646.6 kB	2,990.0 kB	[list of files]
i386	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	838.8 kB	5,370.0 kB	[list of files]
mips64el	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	811.6 kB	6,117.0 kB	[list of files]
mipsel	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	835.7 kB	6,059.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	886.8 kB	7,375.0 kB	[list of files]
s390x	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	736.0 kB	5,594.0 kB	[list of files]