パッケージ: progressivemauve (1.2.0+4713+dfsg-5 など)

[ ソース: progressivemauve  ]

multiple genome alignment algorithms

The mauveAligner and progressiveMauve alignment algorithms have been implemented as command-line programs included with the downloadable Mauve software. When run from the command-line, these programs provide options not yet available in the graphical interface.

Mauve is a system for efficiently constructing multiple genome alignments in the presence of large-scale evolutionary events such as rearrangement and inversion. Multiple genome alignment provides a basis for research into comparative genomics and the study of evolutionary dynamics. Aligning whole genomes is a fundamentally different problem than aligning short sequences.

Mauve has been developed with the idea that a multiple genome aligner should require only modest computational resources. It employs algorithmic techniques that scale well in the amount of sequence being aligned. For example, a pair of Y. pestis genomes can be aligned in under a minute, while a group of 9 divergent Enterobacterial genomes can be aligned in a few hours.

Mauve computes and interactively visualizes genome sequence comparisons. Using FastA or GenBank sequence data, Mauve constructs multiple genome alignments that identify large-scale rearrangement, gene gain, gene loss, indels, and nucleotide substutition.

Mauve is developed at the University of Wisconsin.

その他の progressivemauve 関連パッケージ

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  C++ でのファイルシステム操作 (ポータブルなパス、ディレクトリの列挙など)

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  Boost.Iostreams ライブラリ

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  C++ 用プログラムオプションライブラリ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgenome0 (>= 1.3.11+svn20110227.4616)

  toolkit for developing bioinformatic related software

• dep: libmems1 (>= 1.6.0+4725)

  library to support DNA string matching and comparative genomics

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [armel, armhf 以外]

• enh: mauve-aligner

  multiple genome alignment

progressivemauve のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	849.1 kB	5,581.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	796.5 kB	5,054.0 kB	[ファイル一覧]
armel	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	651.6 kB	3,950.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	646.6 kB	2,990.0 kB	[ファイル一覧]
i386	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	838.8 kB	5,370.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	811.6 kB	6,117.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	835.7 kB	6,059.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	886.8 kB	7,375.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	736.0 kB	5,594.0 kB	[ファイル一覧]