Package: augustus (3.5.0+dfsg-2)

[ Source: augustus  ]

Genforudsigelse i eukaryote genomer

AUGUSTUS er et program til genforudsigelse i eukaryote genomsekvenser, som er baseret på en generel skjult Markovmodel (HMM), en probabilistisk model af en sekvens og dens genstruktur. Efter at have lært genstrukturer fra en referenceanmærkning, bruger AUGUSTUS HMM til at genkende gener i en ny sekvens og anmærke dem med regioner af identificerede gener. Eksterne fif, f.eks. fra RNA-sekventering, EST eller proteinsammenligninger etc. kan bruges til at guide og forbedre genkonstateringsprocessen. Resultatet er det sæt af mest sandsynlige genstrukturer, der opfylder alle givne brugerbegrænsninger, hvis sådanne genstrukturer findes. AUGUSTUS indeholder allerede præbyggede HMM'er til mange arter, såvel som skripter til at træne brugerdefinerede modeller ved hjælp af kommenterede genomer.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to augustus

• dep: augustus-data

  Datafiler for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  Bibliotek for Boost.Iostreams

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2)

  Column approximate minimum degree ordering-bibliotek for tynde matricer

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

  GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

  MariaDB - klientbibliotek

• dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~)

  MySQL C++-biblioteksbindinger - kørselstid

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Delt bibliotek til SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• rec: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• sug: cdbfasta

  Constant DataBase-indekserings- og indhentelsesværktøj for multi-FASTA-filer

• sug: diamond-aligner

  Accelereret BLAST-kompatibel lokal sekvenssammenligner

• sug: libdbd-mysql-perl

  Perl5-databasegrænseflade til MariaDB/MySQL-databasen

• sug: libfile-which-perl

  Perlmodul for søgning i stier efter kørbare programmer

• sug: libparallel-forkmanager-perl

  Simpel parallel behandlingshåndtering til fork for Perl

• sug: libyaml-perl

  YAML Ain't Markup Language

• sug: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

Download augustus

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
mipsel	1,835.9 kB	13,506.0 kB	[list of files]