Paket: augustus (3.5.0+dfsg-2)

[ Quellcode: augustus  ]

gene prediction in eukaryotic genomes

AUGUSTUS is a software for gene prediction in eukaryotic genomic sequences that is based on a generalized hidden Markov model (HMM), a probabilistic model of a sequence and its gene structure. After learning gene structures from a reference annotation, AUGUSTUS uses the HMM to recognize genes in a new sequence and annotates it with the regions of identified genes. External hints, e.g. from RNA sequencing, EST or protein alignments etc. can be used to guide and improve the gene finding process. The result is the set of most likely gene structures that comply with all given user constraints, if such gene structures exist. AUGUSTUS already includes prebuilt HMMs for many species, as well as scripts to train custom models using annotated genomes.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Rolle: Programm, Wissenschaft: science::calculation, scope::utility, GUI-Baukasten: Ncurses TUI, Zweck: use::analysing, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu augustus

• dep: augustus-data

  data files for AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  Boost.Iostreams-Bibliothek

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libcolamd2 (>= 1:4.5.2)

  Bibliothek mit dem COLAMD-Algorithmus für schwach besetzte Matrizen

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

  GNU Scientific Library -- Bibliothekspaket

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

  Datenbank MariaDB - Clientbibliothek

• dep: libmysql++3v5 (>= 3.2.5-1~)

  MySQL C++ library bindings (runtime)

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Laufzeit-Bibliothek für SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• sug: cdbfasta

  CDB-Werkzeuge zur Indizierung und Abfrage für multi-FASTA-Dateien

• sug: diamond-aligner

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

• sug: libdbd-mysql-perl

  Perl5-Datenbankschnittstelle zur Datenbank MariaDB/MySQL

• sug: libfile-which-perl

  Perl-Modul zum Durchsuchen des Pfads nach ausführbaren Programmen

• sug: libparallel-forkmanager-perl

  Erzeugung/Verwaltung von Kindprozessen für die Parallelverarbeitung

• sug: libyaml-perl

  YAML Ain't Markup Language

• sug: python3-biopython

  Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik

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