all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: hhsuite  ]

Package: hhsuite (3.3.0+ds-7 and others)

Links for hhsuite

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package hhsuite:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning

HH-suite er en programpakke, udviklet i åben kildekode, for sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på parvis sammenligning af skjulte Markov-modeller (HMM'er).

Denne pakke indeholder HHsearch og HHblits blandt andre programmer og redskaber.

HHsearch bruger som inddata flere sekvenssammenligninger (MSA) eller profil-HMM og søger i en database med HMM'er (f.eks. PDB, Pfam eller InterPro) for homologe proteriner. HHserarch bruges ofte for proteinstrukturforudsigelse til at detektere homologe skabeloner og til at bygge meget præcise forespørgsels-skabelon parvise sammenligninger for homolog modellering.

HHblits kan bygge højkvalitets MSA'er der starter fra enkelte sekvenser eller fra MSA'er. Den transformerer disse til en forespørgsels-HMM og via en iterativ søgningsstrategi tilføjes signifikant lignende sekvenser fra den forrige søgning til den opdaterede forespørgsels-HMM for den næste søgeiteration. Sammenlignet med PSI-BLAST er HHblits hurtigere, op til dobbelt så sensitiv og programmet laver mere præcise sammenligninger.

Other Packages Related to hhsuite

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download hhsuite

Download for all available architectures
Architecture Version Package Size Installed Size Files
i386 3.3.0+ds-7+b2 72,245.8 kB622,859.0 kB [list of files]