Paket: hhsuite (3.3.0+ds-7 und andere)
Links für hhsuite
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket hhsuite herunterladen:
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Laszlo Kajan (QS-Seite)
- Andreas Tille (QS-Seite)
- Sascha Steinbiss (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [toolkit.tuebingen.mpg.de]
Ähnliche Pakete:
Sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf HMM-HMM-Alignment
HH-suite ist ein quelloffenes Softwarepaket für sensible Proteinsequenzsuchen, basierend auf paarweisen Alignments von Hidden-Markov-Modellen (HMMe).
Dieses Paket enthält HHsearch, HHblits sowie weitere Programme und Hilfswerkzeuge.
HHsearch akzeptiert als Eingabe ein multiples Sequenzalignment (MSA) oder Profil-HMM und durchsucht eine HMM-Datenbank (z.B. PDB, Pfam oder InterPRo) nach homologen Proteinen. HHsearch wird oft bei Proteinstrukturvorhersagen verwendet, um homologe Matrizen (Templates) zu erkennen und hochakkurate paarweise Alignments mit Abfrage-Matrizen für Homology Modelling zu erstellen.
HHblits kann hochqualitative MSAs aus einzelnen Sequenzen oder aus MSAs erstellen. Es transformiert diese in ein Abfrage-HMM und fügt der aktualisierten Abfrage-HMM - mittels iterativer Suche - signifikant ähnliche Sequenzen der vorherigen Suche hinzu, um diese bei der nächsten Suchiteration zu verwenden. HHblits ist verglichen mit PSI-BLAST schneller, bis zu doppelt so sensibel und erstellt genauere Alignments.
Andere Pakete mit Bezug zu hhsuite
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- dep: hhsuite-data (= 3.3.0+ds-7)
- sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment (data)
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC Support-Bibliothek
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- dep: libgomp1 (>= 6)
- Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)
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- dep: perl
- Larry Wall's Practical Extraction und Report Language
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
hhsuite herunterladen
Architektur | Version | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
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i386 | 3.3.0+ds-7+b2 | 72.245,8 kB | 622.859,0 kB | [Liste der Dateien] |