Package: mira-assembler (4.9.6-7 and others)

[ Source: mira  ]

Hel Genome Shotgun og EST Sequence Assembler

Mira er en specialiseret gensekvenssamler for sekvensprojekter regnet som »svære« på grund af et stort antal ensformige gentagelser. For expressed sequence tags-transskriptioner (EST'er) er miraEST specialiseret på rekonstruktion af urørte mRNA-transskriptioner mens det detekterer og klassificerer enlige nukleotidpolymorfismer (SNP), der opstår i forskellige variationer herudfra.

Sekvenssamleren bruges rutinemæssigt til forskellige opgaver såsom mutationsdetektering i forskellige celletyper, analyser af ligheder i transskriptioner mellem organismer og samling af urørte sekvenser fra forskellige kilder for oligodesign i kliniske mikroarrayeksperimenter.

Pakken tilbyder følgende kørbare filer:

 * mira: for samling af genomsekvenser
 * miramem: estimerer hukommelsen krævet af et projekt. Fungerer
   ved at lænke til mira.
 * mirabait: et »grep«-lignende værktøj til at vælge læsninger med kmerer
   op til 256 baser.
 * miraconvert: er et værktøj til at konvertere, udtrække og nogle gange
   genberegne alle slags data relateret til sekvenssamlingsfiler.

Tags: Role: Program

Other Packages Related to mira-assembler

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  Filsystemhandlinger (flytbare stier, iteration over mappere etc.) i C++

• dep: libboost-regex1.74.0-icu72

  virtual package provided by libboost-regex1.74.0

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  flytbar C++-flertrådning

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libexpat1 (>= 2.0.1)

  XML-fortolkning C-bibliotek - kørselstidsbibliotek

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: mira-rfam-12s-rrna

  Udtræk af RFAM 12 rRNA-databasen

• sug: mira-doc

  Dokumentation for Mira

Download mira-assembler

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
armel	4.9.6-7+b1	2,015.9 kB	6,681.0 kB	[list of files]