[ Source: mira ]
Пакунок: mira-assembler (4.9.6-7 and others)
Links for mira-assembler
Debian Resources:
Download Source Package mira:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Steffen Moeller (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
External Resources:
- Homepage [sourceforge.net]
Similar packages:
Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler
The mira genome fragment assembler is a specialised assembler for sequencing projects classified as 'hard' due to high number of similar repeats. For expressed sequence tags (ESTs) transcripts, miraEST is specialised on reconstructing pristine mRNA transcripts while detecting and classifying single nucleotide polymorphisms (SNP) occurring in different variations thereof.
The assembler is routinely used for such various tasks as mutation detection in different cell types, similarity analysis of transcripts between organisms, and pristine assembly of sequences from various sources for oligo design in clinical microarray experiments.
The package provides the following executables: Binaries provided:
* mira: for assembly of genome sequences * miramem: estimating memory needed to assemble projects. * mirabait: a "grep" like tool to select reads with kmers up to 256 bases. * miraconvert: is a tool to convert, extract and sometimes recalculate all kinds of data related to sequence assembly files.
Інші пакунки пов'язані з mira-assembler
|
|
|
|
-
- dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)
- Операції з файловою системою (переносимі шляхи, операції з теками тощо) на Сі++
-
- dep: libboost-regex1.74.0-icu72
- virtual package provided by libboost-regex1.74.0
-
- dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)
- portable C++ multi-threading
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libexpat1 (>= 2.0.1)
- Бібліотека С для парсингу XML — бібліотека підтримки виконання
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5)
- Допоміжна бібліотека GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)
- Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)
-
- rec: mira-rfam-12s-rrna
- extract of RFAM 12 rRNA database
-
- sug: mira-doc
- documentation for the mira assembler
Завантажити mira-assembler
| Архітектура | Версія | Розмір пакунка | Розмір після встановлення | Файли |
|---|---|---|---|---|
| armel | 4.9.6-7+b1 | 2,015.9 kB | 6,681.0 kB | [список файлів] |