Package: abacas (1.3.1-9)

[ Source: abacas  ]

Luk huller i genomsammenligninger fra korte læsninger

ABACAS (Algorithm Based Automatic Contiguation of Assembled Sequences) er lavet for hurtig at få kontakt (juster, rækkefølge, orienter), visualisere og designe primere til at lukke gab på shotgun-sammensatte »contig«'er baseret på en referencesekvens.

ABACAS bruger MUMmer til at finde justeringspositioner og identificere syntenier af samlede contig'er mod referencen. Resultatet behandles så for at oprette et pseudomolekyle, der tager højde for overlappende contig'er og gap. ABACAS opretter en sammenligningsfil, som kan bruges til at visualisere ordnede og orienterede contig'er i ACT. Synteni er repræsenteret af røde bjælker, hvor farveintensiteten formindsker med lavere værdier procentidentitet mellem sammenlignelige blokke. Information om contig'er såsom orienteringen, procentidentitet, dækning og overlapning med andre contig'er kan også visualiseres ved at indlæse resultatfunktionsfil på ACT.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::perl, interface::commandline, User Interface: Text-based Interactive, Role: role::program, scope::utility

Other Packages Related to abacas

• dep: mummer

  Effektiv sekvensjustering for hele genomer

• rec: primer3

  Værktøj til at designe flankerende, oligo-nukleotider til DNA-amplifikation

• sug: abacas-examples

  Testdata for abacas til at lukke huller i genomsammenligninger

Download abacas

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	24.1 kB	109.0 kB	[list of files]