Pakiet: abacas (1.3.1-9)

[ Pakiet źródłowy: abacas  ]

Wypełnianie odstępów w dopasowaniach genomicznych z krótkich odczytów

ABACAS (Algorithm Based Automatic Contiguation of Assembled Sequences) przeznaczony jest do szybkiej obsługi przylegania połączonych sekwencji (wyrównania, uporządkowania, orientacji), wizualizacji i projektowania primerów w celu zlikwidowania odstępów w podwójnie połączonych sekwencjach przylegających (kontigach) opartych na sekwencji referencyjnej.

ABACAS używa systemu Mummer aby znaleźć miejsca wyrównania i zidentyfikować synteny gotowych sekwencji przylegających w stosunku do punktu odniesienia. Wynik jest następnie przetwarzany w celu wygenerowania pseudomolekuł składanych z nakładających się sekwencji przylegających i uwzględnionych odstępów. ABACAS generuje plik porównywania, który można wykorzystać do wizualizacji uporządkowania i orientacji sekwencji przylegających za pomocą narzędzia ACT. Synteny jest reprezentowane przez czerwone paski, w których intensywność koloru maleje wraz z mniejszymi wartościami procentowymi zbieżności pomiędzy porównywalnymi blokami. Informacje na temat sekwencji przylegających takich jak orientacja, procentowa zbieżność, zasięg i pokrywanie się z innymi sekwencjami przylegającymi mogą być również wizualizowane przez załadowanie pliku wyprowadzanej funkcji w programie ACT.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::perl, interface::commandline, Interfejs użytkownika: Interaktywny interfejs tekstowy, Rola: role::program, scope::utility

Inne pakiety związane z abacas

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• rec: primer3

  tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification

• sug: abacas-examples

  sample data for abacas to close gaps in genomic alignments

Pobieranie abacas

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	24,1 KiB	109,0 KiB	[lista plików]