Package: ssake (4.0-2)

[ Source: ssake  ]

Genomová aplikace pro spojování miliónů velmi krátkých sekvencí DNA

SSAKE (Short Sequence Assembly by K-mer search and 3′ read Extension) je aplikace pro agresivní montáž miliónů krátkých nukleotidových sekvencí progresivním hledáním perfektních 3′-most k-mers použitím prefixového DNA stromu. SSAKE je vytvořen tak, aby seskupil krátké sekvence do contig, které se používají pro charakterizaci nového seskupení.

Tags: Field: Biology, Implemented in: Perl, implemented-in::python, interface::commandline, User Interface: Command Shell, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Analysing

Other Packages Related to ssake

• dep: libperl4-corelibs-perl

  libraries historically supplied with Perl 4

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: python

  interactive high-level object-oriented language (Python2 version)

• sug: ssake-examples

  example data for SSAKE, a genomic assembler of short reads

Download ssake

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	48.4 kB	213.0 kB	[list of files]