Paquet : ssake (4.0-2)

[ Paquet source : ssake  ]

application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN

Short Sequence Assembly par recherche de K-mer et l’extension de troisième lecture (SSAKE) est une application de génomique pour assembler énergiquement des millions de séquences courtes de nucléotides en recherchant progressivement les « 3′-most k-mers » en utilisant un arbre de préfixes d’ADN. SSAKE est conçu pour aider à exploiter les informations de lectures de courtes séquences en les regroupant rigoureusement dans des contigs pouvant être utilisés pour caractériser les cibles de séquençage nouvelles.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Mis en œuvre en: Perl, implemented-in::python, interface::commandline, Interface utilisateur: Interpréteur de commandes, Rôle: role::program, scope::utility, But: Analyse

Autres paquets associés à ssake

• dep: libperl4-corelibs-perl

  libraries historically supplied with Perl 4

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

• sug: ssake-examples

  example data for SSAKE, a genomic assembler of short reads

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	48,4 ko	213,0 ko	[liste des fichiers]