Пакет: r-bioc-genomicalignments (1.42.0-1)

[ Източник: r-bioc-genomicalignments  ]

Експериментален пакет

Предупреждение: Този пакет е от дистрибуцията experimental. Това означава, че е възможно да е нестабилен или да има грешки, а може дори и да предизвика загуба на данни. Прочетете информация за промените и останалата документация преди да го използвате.

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

This BioConductor package provides efficient containers for storing and manipulating short genomic alignments (typically obtained by aligning short reads to a reference genome). This includes read counting, computing the coverage, junction detection, and working with the nucleotide content of the alignments.

Други пакети, свързани с r-bioc-genomicalignments

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [не arm64, ppc64el, riscv64]

• dep: r-api-4.0

  Пакетът не е наличен

• dep: r-api-bioc-3.20

  виртуален пакет, предлаган от r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.37.0)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.55.7)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.13.1)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.55.3)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.23.9)

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.31.2)

  GNU R binary alignment (BAM), variant call (BCF), or tabix file import

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.27.12)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.9.13)

  BioConductor assay container

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-bsgenome

  BioConductor infrastructure for Biostrings-based genome data packages

• sug: r-bioc-deseq2

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• sug: r-bioc-edger

  Empirical analysis of digital gene expression data in R

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• sug: r-bioc-shortread

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-runit

  GNU R package providing unit testing framework

Изтегляне на r-bioc-genomicalignments

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	2 111,4 кБ	3 393,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	2 110,7 кБ	3 449,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	2 108,6 кБ	3 455,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	2 113,9 кБ	3 450,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	2 112,6 кБ	3 449,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	2 111,3 кБ	3 381,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	2 110,6 кБ	3 393,0 кБ	[списък на файловете]