Пакет: bali-phy (4.0~beta16+dfsg-1 и други)

[ Източник: bali-phy  ]

Експериментален пакет

Предупреждение: Този пакет е от дистрибуцията experimental. Това означава, че е възможно да е нестабилен или да има грешки, а може дори и да предизвика загуба на данни. Прочетете информация за промените и останалата документация преди да го използвате.

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Други пакети, свързани с bali-phy

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [armhf, ia64]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0) [не armhf, ia64]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0) [не armhf, ia64]

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [armhf, ia64]

  program options library for C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [не armhf, ia64]

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [armhf, ia64]

  Boost Random Number Library

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0) [не armhf, ia64]

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.34) [armhf]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [не armhf, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Cairo 2D vector graphics library

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [не armhf, ia64]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC support library

• dep: libstdc++6 (>= 11) [armhf, ia64]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не armhf, ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  също и виртуален пакет, предлаган от gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R statistical computation and graphics system

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Изтегляне на bali-phy

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	4.0~beta16+dfsg-1	9 700,1 кБ	52 351,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	4.0~beta16+dfsg-1	8 619,4 кБ	47 527,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	4.0~beta2+dfsg-1	5 779,1 кБ	26 400,0 кБ	[списък на файловете]
i386	4.0~beta16+dfsg-1	9 147,2 кБ	50 652,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	4.0~beta2+dfsg-1	11 619,3 кБ	82 739,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	4.0~beta16+dfsg-1	7 741,1 кБ	44 869,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	4.0~beta16+dfsg-1	8 687,3 кБ	57 950,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	4.0~beta16+dfsg-1	9 475,9 кБ	55 642,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	4.0~beta16+dfsg-1	10 037,2 кБ	41 016,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	4.0~beta16+dfsg-1	7 449,4 кБ	47 780,0 кБ	[списък на файловете]