Пакет: libjellyfish-perl (2.3.0-10)

[ Източник: jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (Perl bindings of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the Perl bindings of jellyfish.

Етикети: Software Development: Perl Development, Библиотеки, Implemented in: implemented-in::c, implemented-in::perl, Role: Development Library

Други пакети, свързани с libjellyfish-perl

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [не amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: perlapi-5.32.1

  виртуален пакет, предлаган от perl-base

Изтегляне на libjellyfish-perl

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	54,6 кБ	174,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	50,7 кБ	170,0 кБ	[списък на файловете]
armel	55,9 кБ	172,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	56,6 кБ	140,0 кБ	[списък на файловете]
i386	63,1 кБ	184,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	49,3 кБ	191,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	54,8 кБ	230,0 кБ	[списък на файловете]