软件包:bowtie(1.0.1-2) [debports]
超快速、内存高效的短读比对工具
本软件包用于解析最新(2010 年)的 DNA 测序技术产生的数据。这些技术会生成相对较短的 DNA 片段,无法直接解读,因此需要像 Bowtie 这样的工具来为每次测序运行得到的短 DNA 片段分配染色体位置。
Bowtie 以每小时超过 2500 万个 35-bp 读段的速率,将短 DNA 序列(读段)比对到人类基因组。它使用 Burrows-Wheeler 索引对基因组进行索引,以降低内存占用:人类基因组的内存占用通常约为 2.2 GB(双端测序为 2.9 GB)。
其他与 bowtie 有关的软件包
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- dep: libc6 (>= 2.16)
- GNU C 语言运行库:共享库
同时作为一个虚包由这些包填实: libc6-udeb
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- dep: libgcc1
- 软件包暂时不可用
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- dep: libstdc++6
- GNU 标准 C++ 库,第3版
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- sug: bowtie-examples
- Examples for bowtie, the ultrafast memory-efficient short read aligner