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软件包:bowtie(1.0.1-2) [debports]

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超快速、内存高效的短读比对工具

本软件包用于解析最新(2010 年)的 DNA 测序技术产生的数据。这些技术会生成相对较短的 DNA 片段,无法直接解读,因此需要像 Bowtie 这样的工具来为每次测序运行得到的短 DNA 片段分配染色体位置。

Bowtie 以每小时超过 2500 万个 35-bp 读段的速率,将短 DNA 序列(读段)比对到人类基因组。它使用 Burrows-Wheeler 索引对基因组进行索引,以降低内存占用:人类基因组的内存占用通常约为 2.2 GB(双端测序为 2.9 GB)。

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