[ 源代码: apbs ]
软件包:apbs(1.4-1 以及其他的)
自适应泊松玻尔兹曼求解程序
APBS 是一个求解泊松-玻尔兹曼方程(PBE)的数值算法软件包,使用最流行的连续模型来 描述盐或者水溶剂中溶质分子间的静电相互作用。连续静电学在生物分子模拟领域中扮演 许多重要角色,包括:
* 模拟扩散过程来确定蛋白质-配体和蛋白质-蛋白质结合的动力学, * 生物分子的隐式溶剂分子动力学 * 溶剂化能和绑定能的计算来确定配体-蛋白质,蛋白质-蛋白质平衡绑定常量,以及辅助合理药物设计,
* 生物分子滴定研究。
APBS 旨在高效地评估各种不同长度尺度分子的模拟中的静电特性,这使得对于包括几十 直至成千上万的原子的分子的研究成为可能。
其他与 apbs 有关的软件包
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- dep: libc6 (>= 2.7)
- GNU C 语言运行库:共享库
同时作为一个虚包由这些包填实: libc6-udeb
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- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- GCC OpenMP(GOMP)支持库
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- dep: libmaloc1 (>= 0.2-1)
- Object-oriented Abstraction Layer for C
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 压缩库 - 运行时