Пакунок: seer (1.1.4-8)

[ Source: seer  ]

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

Bacterial genomes vary extensively in terms of both gene content and gene sequence - this plasticity hampers the use of traditional SNP-based methods for identifying all genetic associations with phenotypic variation. SEER provides a computationally scalable and widely applicable statistical method for the identification of sequence elements that are significantly enriched in a phenotype of interest. SEER is applicable to even tens of thousands of genomes by counting variable- length k-mers using a distributed string-mining algorithm. Robust options are provided for association analysis that also correct for the clonal population structure of bacteria. Using large collections of genomes of the major human pathogen Streptococcus pneumoniae, SEER identifies relevant previously characterised resistance determinants for several antibiotics.

Інші пакунки пов'язані з seer

• dep: libarmadillo14 (>= 1:14.0.1+dfsg)

  Технологічна бібліотека лінійної алгебри на C++

• dep: libblas3

  Реалізації основних підпрограм лінійної алгебри (колективна бібліотека)

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  Бібліотека параметрів програми на Сі++

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64el, s390x]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhdf5-103-1t64

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: libtext-csv-perl

  comma-separated values manipulator (using XS or PurePerl)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• sug: fsm-lite

  frequency-based string mining (lite)

Завантажити seer

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	1,200.9 kB	5,071.0 kB	[список файлів]
arm64	1,136.8 kB	5,027.0 kB	[список файлів]
armel	1,128.8 kB	4,850.0 kB	[список файлів]
armhf	1,115.0 kB	4,298.0 kB	[список файлів]
i386	1,193.3 kB	4,998.0 kB	[список файлів]
mips64el	1,187.5 kB	5,559.0 kB	[список файлів]
ppc64el	1,172.2 kB	5,347.0 kB	[список файлів]
riscv64	1,178.8 kB	4,499.0 kB	[список файлів]
s390x	1,194.1 kB	5,111.0 kB	[список файлів]