Пакунок: mash (2.3+dfsg-6)

[ Source: mash  ]

fast genome and metagenome distance estimation using MinHash

Mash uses MinHash locality-sensitive hashing to reduce large biosequences to a representative sketch and rapidly estimate pairwise distances between genomes or metagenomes. Mash sketch databases effectively delineate known species boundaries, allow construction of approximate phylogenies, and can be searched in seconds using assembled genomes or raw sequencing runs from Illumina, Pacific Biosciences, and Oxford Nanopore. For metagenomics, Mash scales to thousands of samples and can replicate Human Microbiome Project and Global Ocean Survey results in a fraction of the time.

Інші пакунки пов'язані з mash

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcapnp-1.0.1

  Cap'n Proto C++ library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libmurmurhash2 (>= 0.2)

  Portable MurmurHash Implementation

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити mash

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	189.6 kB	549.0 kB	[список файлів]
arm64	166.5 kB	489.0 kB	[список файлів]
mips64el	166.8 kB	636.0 kB	[список файлів]
ppc64el	186.5 kB	617.0 kB	[список файлів]
s390x	185.6 kB	545.0 kB	[список файлів]