Пакунок: idba-extra (1.1.3-8)

[ Source: idba  ]

iterative De Bruijn Graph short read assemblers (extra tools)

IDBA stands for iterative de Bruijn graph assembler. In computational sequence biology, an assembler solves the puzzle coming from large sequencing machines that feature many gigabytes of short reads from a large genome.

This package provides several flavours of the IDBA assembler, as they all share the same source tree but serve different purposes and evolved over time.

IDBA is the basic iterative de Bruijn graph assembler for second-generation sequencing reads. IDBA-UD, an extension of IDBA, is designed to utilize paired-end reads to assemble low-depth regions and use progressive depth on contigs to reduce errors in high-depth regions. It is a generic purpose assembler and especially good for single-cell and metagenomic sequencing data. IDBA-Hybrid is another update version of IDBA-UD, which can make use of a similar reference genome to improve assembly result. IDBA-Tran is an iterative de Bruijn graph assembler for RNA-Seq data.

This package ships extra tools for using idba in specific situations.

Інші пакунки пов'язані з idba-extra

• dep: idba

  iterative De Bruijn Graph short read assemblers

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

Завантажити idba-extra

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	388.3 kB	2,506.0 kB	[список файлів]
arm64	334.5 kB	2,686.0 kB	[список файлів]
armel	309.9 kB	2,599.0 kB	[список файлів]
armhf	318.3 kB	1,959.0 kB	[список файлів]
i386	417.6 kB	2,523.0 kB	[список файлів]
mips64el	397.7 kB	3,665.0 kB	[список файлів]
ppc64el	400.1 kB	3,390.0 kB	[список файлів]
s390x	351.9 kB	2,538.0 kB	[список файлів]