Package: idba-extra (1.1.3-8 and others)

[ Source: idba  ]

Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere - ekstra værktøjer

IDBA står for iterative de Bruijn-grafassembler. I beregningssekvensbiologi så løser en assembler puslespillet fra store sekvensmaskiner, som har mange gigabyte med korte læsninger fra et stort genom.

Denne pakke tilbyder flere varianter af IDBA-assembleren, da de alle deler det samme kildetræ men har forskellige formål og udvikler sig over tid.

IDBA er den grundlæggende iterativ de Bruijn-grafassembler for anden generations sekvenslæsninger. IDBA-UD, en udvidelse af IDBA, er designet til at udnytte parret-slut-læsninger til at samle regioner på lav dybde og bruge progressiv dybde på config'er til at reducere fejl i regioner med høj dybde. Det er en generisk formålsassembler og specielt god til enkel-celle og metagenomiske sekvensdata. IDBA-Hybrid er en anden opdateret version af IDBA-UD, som kan gør brug af et lignende referencegenmom til at forbedre assembly-resultat. IDBA-Tran er en iterativ de Bruijn-grafassembler for RNA-seq-data.

Denne pakke indeholder ekstra værktøjer for brug af idba i specifikke situationer.

Other Packages Related to idba-extra

• dep: idba

  Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere

• dep: libc6 (>= 2.34) [not arm64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, riscv64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [not arm64, riscv64]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

Download idba-extra

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.1.3-8	388.3 kB	2,506.0 kB	[list of files]
arm64	1.1.3-8+b1	357.0 kB	3,007.0 kB	[list of files]
armel	1.1.3-8	309.9 kB	2,599.0 kB	[list of files]
armhf	1.1.3-8	318.3 kB	1,959.0 kB	[list of files]
i386	1.1.3-8	417.6 kB	2,523.0 kB	[list of files]
mips64el	1.1.3-8	397.7 kB	3,665.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.1.3-8	400.1 kB	3,390.0 kB	[list of files]
riscv64	1.1.3-8+b1	388.3 kB	1,903.0 kB	[list of files]
s390x	1.1.3-8	351.9 kB	2,538.0 kB	[list of files]