Пакунок: murasaki-mpi (1.68.6-14) [debports]

[ Source:  ]

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.

Інші пакунки пов'язані з murasaki-mpi

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  Операції з файловою системою (переносимі шляхи, операції з теками тощо) на Сі++

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  Бібліотека Boost.Iostreams

• dep: libc6 (>= 2.40)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libmpich12

  Shared libraries for MPICH

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: murasaki-common

  homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Завантажити murasaki-mpi

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
sh4 (unofficial port)	644.5 kB	4,173.0 kB	[список файлів]