Пакунок: libtfbs-perl (0.7.1+ds-4 and others)

[ Source: libtfbs-perl  ]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

Tags: Software Development: Perl Development, Бібліотеки, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Role: Development Library, Program

Інші пакунки пов'язані з libtfbs-perl

• dep: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Perl-інтерфес до базданих (DBI)

• dep: libwww-perl

  Простий й послідовний програмний інтерфейс до всесвітнього павутиння

• dep: pdl (>= 1:2.093-1+b1)

  perl data language: Perl extensions for numerics

• dep: pdlapi-20

  virtual package provided by pdl

• dep: perl (>= 5.40.0-6)

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

• dep: perlapi-5.40.0

  virtual package provided by perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  virtual package provided by libgd-perl

  or libgd-gd2-noxpm-perl

  virtual package provided by libgd-perl

Завантажити libtfbs-perl

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
ppc64el	0.7.1+ds-4+b1	217.3 kB	1,029.0 kB	[список файлів]