Pakiet: libtfbs-perl (0.7.1+ds-4 i inne)

[ Pakiet źródłowy: libtfbs-perl  ]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

Znaczniki: Rozwój oprogramowania: Rozwijanie w języku Perl, Biblioteki, Dziedzina: field::biology, field::biology:bioinformatics, Zaimplementowane w: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Rola: Biblioteka deweloperska, Program

Inne pakiety związane z libtfbs-perl

• dep: bioperl

  Narzędzia do obliczeniowej biologii molekularnej, oparte na Perlu

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  Interfejs bazodanowy Perl (DBI)

• dep: libwww-perl

  Prosty i spójny interfejs do WWW

• dep: pdl (>= 1:2.093-1+b1)

  perl data language: Perl extensions for numerics

• dep: pdlapi-20

  pakiet wirtualny udostępniany przez pdl

• dep: perl (>= 5.40.0-6)

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: perlapi-5.40.0

  pakiet wirtualny udostępniany przez perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  pakiet wirtualny udostępniany przez libgd-perl

  lub libgd-gd2-noxpm-perl

  pakiet wirtualny udostępniany przez libgd-perl

Pobieranie libtfbs-perl

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
ppc64el	0.7.1+ds-4+b1	217,3 KiB	1 029,0 KiB	[lista plików]