Пакунок: python3-freecontact (1.1-4)

[ Source: python-freecontact  ]

fast protein contact predictor - binding for Python3

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Python3 binding.

Інші пакунки пов'язані з python3-freecontact

• dep: libboost-python1.67.0

  Boost.Python Library

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [not arm64]

• dep: libfreecontact0v5

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [not armhf]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: python3 (<< 3.8)

  Інтерактивна об'єктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

  dep: python3 (>= 3.6~)

Завантажити python3-freecontact

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	31.7 kB	228.0 kB	[список файлів]
arm64	29.9 kB	236.0 kB	[список файлів]
armhf	27.8 kB	170.0 kB	[список файлів]
i386	33.7 kB	226.0 kB	[список файлів]