Пакунок: libfreecontact0v5 (1.0.21-7 and others)

[ Source: freecontact  ]

fast protein contact predictor library

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the shared library implementing freecontact.

Tags: Role: Shared Library

Інші пакунки пов'язані з libfreecontact0v5

• dep: libblas3

  Реалізації основних підпрограм лінійної алгебри (колективна бібліотека)

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libc6 (>= 2.15) [not arm64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [not armhf]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  Виконавча бібліотека для застосунків GNU Fortran

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: liblapack3

  Бібліотека підпрограм лінійної алгебри вер. 3 — колективна версія

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libquadmath0 (>= 4.6) [amd64, i386]

  Математична бібліотека з чотирикратною точністю для GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

Завантажити libfreecontact0v5

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	1.0.21-7+b1	73.2 kB	194.0 kB	[список файлів]
arm64	1.0.21-7+b1	64.9 kB	165.0 kB	[список файлів]
armhf	1.0.21-7+b1	55.3 kB	117.0 kB	[список файлів]
i386	1.0.21-7+b1	61.6 kB	165.0 kB	[список файлів]