Пакунок: gasic (0.0.r19-4)

[ Source: gasic  ]

genome abundance similarity correction

One goal of sequencing based metagenomic analysis is the quantitative taxonomic assessment of microbial community compositions. However, the majority of approaches either quantify at low resolution (e.g. at phylum level) or have severe problems discerning highly similar species. Yet, accurate quantification on species level is desirable in applications such as metagenomic diagnostics or community comparison. GASiC is a method to correct read alignment results for the ambiguities imposed by similarities of genomes. It has superior performance over existing methods.

Інші пакунки пов'язані з gasic

• dep: bowtie

  Ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• dep: python

  Інтерактивна об'єктно-орієнтована мова високого рівня (гілка 2.x)

• dep: python-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• dep: python-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• dep: python-numpy

  Швидкі методи для роботи з числовими масивами (модуль для Python)

• dep: python-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)

• dep: python-scipy

  scientific tools for Python

• dep: seqan-apps

  C++ library for the analysis of biological sequences

Завантажити gasic

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	19.8 kB	74.0 kB	[список файлів]