Пакунок: sepp (4.3.10+dfsg-5)

[ Source: sepp  ]

phylogeny with ensembles of Hidden Markov Models

The tools SEPP and TIPP implementing these methods use ensembles of Hidden Markov Models (HMMs) in different ways, each focusing on a different problem.

SEPP stands for "SATe-enabled Phylogenetic Placement", and addresses the problem of phylogenetic placement of short reads into reference alignments and trees.

TIPP stands for "Taxonomic Identification and Phylogenetic Profiling", and addresses the problem of taxonomic identification and abundance profiling of metagenomic data.

Інші пакунки пов'язані з sepp

• dep: hmmer

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis

• dep: libcommons-beanutils-java

  Apache Commons BeanUtils - Utility for manipulating Java beans

• dep: libcommons-collections3-java

  Apache Commons Collections - Extended Collections API for Java

• dep: libcommons-lang-java

  Commons Lang - an extension of the java.lang package

• dep: libcommons-logging-java

  common wrapper interface for several logging APIs

• dep: libgoogle-gson-java

  Converts Java objects into their JSON representation

• dep: libjenkins-json-java

  Library for transforming Java objects between XML and JSON

• dep: libjson-java

  library for transforming Java objects and XML to JSON and back again

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: pplacer

  phylogenetic placement and downstream analysis

• dep: python3

  Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Завантажити sepp

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	179.6 kB	551.0 kB	[список файлів]