Пакунок: vg (1.30.0+ds-1 and others)

[ Source: vg  ]

tools for working with genome variation graphs

variation graph data structures, interchange formats, alignment, genotyping, and variant calling methods

Variation graphs provide a succinct encoding of the sequences of many genomes. A variation graph (in particular as implemented in vg) is composed of:

 - nodes, which are labeled by sequences and ids
 - edges, which connect two nodes via either of their respective ends
 - paths, describe genomes, sequence alignments, and annotations (such as gene
  models and transcripts) as walks through nodes connected by edges

This model is similar to a number of sequence graphs that have been used in assembly and multiple sequence alignment. Paths provide coordinate systems relative to genomes encoded in the graph, allowing stable mappings to be produced even if the structure of the graph is changed.

Інші пакунки пов'язані з vg

• dep: libatomic1 (>= 4.8)

  Підтримка бібліотеки, яка забезпечує вбудовані функції __atomic

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  Бібліотека параметрів програми на Сі++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Cairo 2D — бібліотека векторної графіки

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

  fast suffix array construction

• dep: libdw1 (>= 0.126)

  Бібліотека, яка надає доступ до інформації про налагодження DWARF

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f)

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjansson4 (>= 2.2)

  Бібліотека C для кодування, розкодування і керування даними JSON

• dep: libjemalloc2 (>= 5.0.0)

  Реалізація масштабованого одночасного malloc(3) загального призначення

• dep: libraptor2-0 (>= 2.0.14)

  Бібліотека RDF-синтаксису Raptor 2

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0)

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libvcflib1 (>= 1.0.2+dfsg)

  C++ library for parsing and manipulating VCF files

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити vg

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	1.30.0+ds-1+b1	47,834.9 kB	175,874.0 kB	[список файлів]