Пакунок: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-8 and others) [non-free]

[ Source: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program, Works with: Biological Sequence

Інші пакунки пов'язані з cufflinks

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  serialization library for C++

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: python3

  Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

  Пакунок недоступний

Завантажити cufflinks

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,500.5 kB	10,384.0 kB	[список файлів]