Пакунок: clonalframeml (1.12-3)

[ Source: clonalframeml  ]

Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

ClonalFrameML is a software package that performs efficient inference of recombination in bacterial genomes. ClonalFrameML was created by Xavier Didelot and Daniel Wilson. ClonalFrameML can be applied to any type of aligned sequence data, but is especially aimed at analysis of whole genome sequences. It is able to compare hundreds of whole genomes in a matter of hours on a standard Desktop computer. There are three main outputs from a run of ClonalFrameML: a phylogeny with branch lengths corrected to account for recombination, an estimation of the key parameters of the recombination process, and a genomic map of where recombination took place for each branch of the phylogeny.

ClonalFrameML is a maximum likelihood implementation of the Bayesian software ClonalFrame which was previously described by Didelot and Falush (2007). The recombination model underpinning ClonalFrameML is exactly the same as for ClonalFrame, but this new implementation is a lot faster, is able to deal with much larger genomic dataset, and does not suffer from MCMC convergence issues

Інші пакунки пов'язані з clonalframeml

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

Завантажити clonalframeml

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	103.8 kB	281.0 kB	[список файлів]
arm64	86.6 kB	273.0 kB	[список файлів]
armel	87.4 kB	272.0 kB	[список файлів]
armhf	84.3 kB	208.0 kB	[список файлів]
i386	103.0 kB	284.0 kB	[список файлів]
mips64el	92.9 kB	343.0 kB	[список файлів]
mipsel	94.2 kB	341.0 kB	[список файлів]
ppc64el	103.0 kB	337.0 kB	[список файлів]
s390x	89.6 kB	269.0 kB	[список файлів]