Пакет: clonalframeml (1.12-3)

[ Источник: clonalframeml  ]

Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

ClonalFrameML is a software package that performs efficient inference of recombination in bacterial genomes. ClonalFrameML was created by Xavier Didelot and Daniel Wilson. ClonalFrameML can be applied to any type of aligned sequence data, but is especially aimed at analysis of whole genome sequences. It is able to compare hundreds of whole genomes in a matter of hours on a standard Desktop computer. There are three main outputs from a run of ClonalFrameML: a phylogeny with branch lengths corrected to account for recombination, an estimation of the key parameters of the recombination process, and a genomic map of where recombination took place for each branch of the phylogeny.

ClonalFrameML is a maximum likelihood implementation of the Bayesian software ClonalFrame which was previously described by Didelot and Falush (2007). The recombination model underpinning ClonalFrameML is exactly the same as for ClonalFrame, but this new implementation is a lot faster, is able to deal with much larger genomic dataset, and does not suffer from MCMC convergence issues

Другие пакеты, относящиеся к clonalframeml

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armel, armhf]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

Загрузка clonalframeml

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	103,8 Кб	281,0 Кб	[список файлов]
arm64	86,6 Кб	273,0 Кб	[список файлов]
armel	87,4 Кб	272,0 Кб	[список файлов]
armhf	84,3 Кб	208,0 Кб	[список файлов]
i386	103,0 Кб	284,0 Кб	[список файлов]
mips64el	92,9 Кб	343,0 Кб	[список файлов]
mipsel	94,2 Кб	341,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	103,0 Кб	337,0 Кб	[список файлов]
s390x	89,6 Кб	269,0 Кб	[список файлов]