Balík: tnseq-transit (3.3.4-1 a iné)

[ Zdroj: tnseq-transit  ]

statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions

This is a software that can be used to analyze Tn-Seq datasets. It includes various statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions (including conditional essentiality between 2 conditions). These methods were developed and tested as a collaboration between the Sassetti lab (UMass) and the Ioerger lab (Texas A&M)

TRANSIT is capable of analyzing TnSeq libraries constructed with Himar1 or Tn5 datasets.

TRANSIT assumes you have already done pre-processing of raw sequencing files (.fastq) and extracted read counts into a .wig formatted file. The .wig file should contain the counts at all sites where an insertion could take place (including sites with no reads). For Himar1 datasets this is all TA sites in the genome. For Tn5 datasets this would be all nucleotides in the genome.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom tnseq-transit

• dep: bwa [nie ia64, sparc64]

  Burrows-Wheeler Aligner

• dep: python [ia64, sparc64]

  Balík nie je dostupný

• dep: python-matplotlib [ia64, sparc64]

  Balík nie je dostupný

• dep: python-numpy [ia64, sparc64]

  Balík nie je dostupný

• dep: python-pillow [ia64, sparc64]

  Balík nie je dostupný

• dep: python-pkg-resources [ia64, sparc64]

  Balík nie je dostupný

• dep: python-scipy [ia64, sparc64]

  Balík nie je dostupný

• dep: python-wxgtk3.0 [ia64, sparc64]

  Balík nie je dostupný

• dep: python3 [nie ia64, sparc64]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-matplotlib [nie ia64, sparc64]

  systém v Pythone na vykresľovanie v štýle podobnom Matlabu

• dep: python3-numpy [nie ia64, sparc64]

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pil [nie ia64, sparc64]

  Python Imaging Library - Python3

• dep: python3-pkg-resources [nie ia64, sparc64]

  objavovanie balíkov a prístup k zdrojom prostredníctvom pkg_resources

• dep: python3-pubsub [nie ia64, sparc64]

  Python 3 publish-subcribe library

• dep: python3-scipy [nie ia64, sparc64]

  vedecké nástroje pre Python 3

• dep: python3-sklearn [nie alpha, ia64, sparc64, x32]

  Python modules for machine learning and data mining - Python 3

• dep: python3-statsmodels [nie ia64, sparc64]

  Python3 module for the estimation of statistical models

• dep: python3-wxgtk4.0 [nie ia64, sparc64]

  Python 3 interface to the wxWidgets Cross-platform C++ GUI toolkit

Stiahnuť tnseq-transit

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	3.1.0-2	6,757.1 kB	41,315.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	3.3.4-1	29,212.4 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	3.3.4-1	29,212.4 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
armel	3.3.4-1	29,212.4 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	3.3.4-1	29,212.4 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	3.3.4-1	29,212.4 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
i386	3.3.4-1	29,212.4 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	2.3.2-1	5,916.9 kB	35,975.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	3.3.4-1	29,212.5 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	3.3.4-1	29,212.5 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	3.3.4-1	29,212.4 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	3.3.4-1	29,212.4 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	3.3.4-1	29,212.4 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	3.3.4-1	29,212.4 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	3.3.4-1	29,212.4 kB	163,131.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	2.3.2-1	5,916.9 kB	35,975.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	3.1.0-2	6,757.1 kB	41,315.0 kB	[zoznam súborov]