Balík: seqan-raptor (3.0.1+ds-2) [debports]

[ Zdroj:  ]

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Raptor is a system for approximately searching many queries such as next-generation sequencing reads or transcripts in large collections of nucleotide sequences. Raptor uses winnowing minimizers to define a set of representative k-mers, an extension of the interleaved Bloom filters (IBFs) as a set membership data structure and probabilistic thresholding for minimizers. This approach allows compression and partitioning of the IBF to enable the effective use of secondary memory.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom seqan-raptor

• dep: libbz2-1.0

  kvalitná knižnica na komprimáciu súborov s triedením blokov - dynamická knižnica

• dep: libc6 (>= 2.34)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.3)

  podporná knižnica GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: libxxhash0 (>= 0.6.5)

  shared library for xxhash

• dep: libyaml-cpp0.7 (>= 0.7.0)

  YAML parser and emitter for C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• sug: cwl-runner

  virtuálny balík poskytovaný balíkom cwltool, toil

Stiahnuť seqan-raptor

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
sparc64 (neoficiálny port)	473.3 kB	2,111.0 kB	[zoznam súborov]