Balík: megadepth (1.2.0-4 a iné) [debports]

[ Zdroj:  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom megadepth

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.34)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libcurl3t64-gnutls (>= 7.16.2)

  jednoducho použiteľná klientská knižnica na prenos URL - verzia GnuTLS

• dep: libdeflate0 (>= 1.0)

  fast, whole-buffer DEFLATE-based compression and decompression

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  podporná knižnica GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Stiahnuť megadepth

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
sparc64 (neoficiálny port)	1.2.0-4+b1	70.2 kB	1,047.0 kB	[zoznam súborov]