Balík: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-10) [non-free]

[ Zdroj: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e. compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and gtf_to_sam.

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program, Works with: Biologické sekvencie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom cufflinks

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  knižnica na serializáciu pre C++

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

  portabilný multi-threading pre C++

• dep: libc6 (>= 2.38)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

  Balík nie je dostupný

Stiahnuť cufflinks

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
ppc64el	1,553.3 kB	13,734.0 kB	[zoznam súborov]