Pakiet: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-10) [non-free]

[ Pakiet źródłowy: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e. compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and gtf_to_sam.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Rola: Program, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z cufflinks

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  serialization library for C++

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: gffread

  Konwertowanie formatu GFF/GTF, filtrowanie regionów, ekstrakcja sekwencji FASTA

• enh: tophat

  Pakiet niedostępny

Pobieranie cufflinks

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
ppc64el	1 553,3 KiB	13 734,0 KiB	[lista plików]