Balík: python3-pairtools (0.3.0-3.2 a iné) [debports]

[ Zdroj:  ]

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Ostatné balíky súvisiace s balíkom python3-pairtools

• dep: cython3

  C-Extensions for Python 3

• dep: libc6 (>= 2.4)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.10~)

• dep: python3-click

  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

• dep: python3-nose

  objavovanie testov a spúšťanie unit testov Pythonu 3

• dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0)

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-numpy-abi9

  virtuálny balík poskytovaný balíkom python3-numpy

Stiahnuť python3-pairtools

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
ppc64 (neoficiálny port)	0.3.0-3.2+b2	146.6 kB	752.0 kB	[zoznam súborov]