Balík: r-bioc-grohmm (1.38.0-2)

[ Zdroj: r-bioc-grohmm  ]

Experimentálny balík

Upozornenie: Tento balík pochádza z distribúcie experimental. To znamená, že je pravdepodobne nestabilný alebo môže dokonca spôsobiť stratu údajov. Predtým, než ho začnete používať sa prosím pozrite do záznamu zmien a ďalšej možnej dokumentácie.

GRO-seq Analysis Pipeline

This BioConductor package provides a pipeline for the analysis of GRO- seq data. Among the more advanced features, r-bioc-grohmm predicts the boundaries of transcriptional activity across the genome de novo using a two-state hidden Markov model (HMM).

The used model essentially divides the genome into transcribed and non- transcribed regions in a strand specific manner. HMMs are used to identify the leading edge of Pol II at genes activated by a stimulus in GRO-seq time course data. This approach allows the genome-wide interrogation of transcription rates in cells.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom r-bioc-grohmm

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [nie arm64, ppc64el, riscv64]

• dep: r-api-4.0

  Balík nie je dostupný

• dep: r-api-bioc-3.19

  Balík nie je dostupný

• dep: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6)

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.12)

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7)

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.17.25)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-cran-mass

  balík MASS pre GNU R od Venable a Ripley

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-edger

  Empirical analysis of digital gene expression data in R

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  genome-wide annotation for Human

Stiahnuť r-bioc-grohmm

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	4,344.6 kB	4,516.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	4,342.6 kB	4,524.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	4,342.7 kB	4,527.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	4,347.7 kB	4,589.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	4,348.0 kB	4,524.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	4,344.2 kB	4,500.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	4,345.8 kB	4,516.0 kB	[zoznam súborov]